Protocole DANNIgenne

Évaluation de la performance diagnostique du diagnostic prénatal non invasif pour les maladies monogéniques

Justification scientifique

L’ADN fœtal libre circulant (cffDNA) est présent dans le sang maternel dès le début du premier trimestre de la grossesse et représente 5 à 20 % de l’ADN libre circulant (cfDNA) dans le plasma maternel. Sa présence dans le plasma maternel a permis le développement du diagnostic prénatal non invasif des maladies monogéniques (SGD-NIPD). Ce diagnostic peut être réalisé à partir de 9 semaines d’aménorrhée et offre un diagnostic définitif précoce, sûr et précis sans le risque de fausse couche associé aux procédures invasives. L’une des principales difficultés consiste à distinguer le génotype fœtal dans le taux élevé d’ADN libre circulant maternel, ce qui entraîne plusieurs défis techniques et analytiques. En outre, contrairement au dépistage prénatal non invasif de l’aneuploïdie, le diagnostic prénatal invasif pour les maladies monogéniques représente un marché plus restreint, et de nombreux cas doivent être fournis sur mesure, en fonction du patient ou de la maladie. Par conséquent, la mise en œuvre du SGD-NIPD est restée rare, la plupart des tests étant effectués dans un cadre de recherche (Scotchman et al, Clin Chem, 2020).   Grâce à plusieurs soutiens financiers académiques et associatifs, notre réseau académique a fortement promu le SGD-NIPD à travers son expertise en matière de diagnostic des maladies génétiques ainsi que du diagnostic prénatal, ce qui nous a permis: d’être l’un des deux pays européens (après le Royaume-Uni) à développer et à proposer la méthode SGD-NIPD dans le cadre des soins standard à l’échelle nationale pour l’exclusion des mutations pour les couples à risque de transmettre tout désordre monogénique grave hérité paternellement ou de novo (Orhant et al, Prenat Diag, 2016 ; Gruber et al, Clin Chem Lab Med, 2018 ; Pacault et al, BJOG, 2022).de permettre le développement du SGD-NIPD également pour les couples à risque de transmettre des maladies héréditaires maternelles, plus problématiques en raison du taux élevé d’ADN maternel dans l’ADN libre circulant. Cette dernière approche, dérivée de l’analyse du dosage relatif des haplotypes (RHDO) proposée par Lo et ses collègues (Lo et al, Sci Transl Med, 2010), a permis à l’équipe du chercheur principal de mener un travail préliminaire fructueux impliquant plus de 98 familles à risque pour 5 maladies.   Le présent projet vise à tirer parti de l’unique réseau de collaboration français pour rendre le SGD-NIPD possible pour tout type de maladie monogénique et de famille.

Objectif principal et critère de jugement principal 

Objectif principal: Evaluation de la performance diagnostique du SGD-NIPD.

Critère d’évaluation principal: nous comparerons les résultats obtenus par diagnostic prénatal non invasif (SGD-NIPD) aux résultats obtenus par diagnostic réalisé dans le cadre du soin courant (diagnostic prénatal invasif pour tous les cas sauf ceux de MODY-GCK où le diagnostic est réalisé sur le nouveau-né à la naissance). Les performances diagnostiques seront évaluées en termes de :

• Pourcentage de fœtus affectés / non affectés qui ont été correctement classés comme affectés / non affectés, respectivement,

• et le pourcentage de résultats non concluants.

Objectifs secondaires

• L’optimisation des méthodes SGD-NIPD spécifiques aux maladies (différents fournisseurs de panels de capture MPS) sera évaluée en termes de :
  • Concentration d’ADN fœtal libre circulant (cffDNA) dans le plasma maternel,
  • Taux de séquençage,
  • Scores de qualité (scores de blocage et de concordance, sensibilité, spécificité et pourcentage de résultats non concluants).
• Evaluation de la performance diagnostique en fonction de la durée d’échantillonnage,
• La facilité de manipulation et le délai d’exécution pour chaque système différent qui seront rapportés qualitativement par les techniciens de laboratoire.

Population des participants à l’étude

Femmes enceintes devant réaliser un diagnostic prénatal invasif dans un contexte d’antécédents familiaux d’une maladie monogénique (SGD), soit par diagnostic prénatal par prélèvement invasif, soit par diagnostic postnatal par prélèvement sur le nouveau-né (pour le MODY-GCK).

Critères d’inclusion

• Femme enceinte de 9 semaines d’aménorrhée ou plus,
• Grossesse singleton,
• Effectuant un diagnostic prénatal invasif dans un contexte d’antécédents familiaux de SGD impliquant les gènes suivants : HBB, CFTR, FMR1, SMN1, DMPK, DMD, NF1, HTT, F8, F9, L1CAM, PKHD1, ATP7A,
• Bénéficiant d’un conseil prénatal dans un contexte de diabète maternel MODY-GCK,
• Mutations pathogènes germinales paternelles et/ou maternelles précédemment identifiées,
• Âgée de 18 ans ou plus,
• Ayant signé un consentement éclairé,

Critères de non inclusion

• Risque d’autres SGD,
• Risque de SGD impliquant une mutation pathogène de novo chez un enfant précédent,
• Femme sous protection juridique.

Procédure pratique

Centres recruteurs:

• L’information et l’inclusion des patientes, la vérification du formulaire de consentement, le remplissage de l’e-CRF, le prélèvement de sang maternel pseudoanonymisé (40 ml pour la recherche) et le transfert au laboratoire associé seront supervisés par le médecin clinicien du CPDPN ou du service de Diabétologie, lors de la visite prévue dans le cadre de la prise en charge nationale standard des femmes enceintes à risque de transmettre le SGD.

Laboratoires associés:

• A leur arrivée au laboratoire, les techniciens de laboratoire et les biologistes impliqués dans cette étude seront chargés de l’enregistrement et de la centrifugation des échantillons, du stockage temporaire du plasma maternel à -80°C avant l’extraction de l’ADN libre circulant, de la collecte de l’ADN et du séquençage NGS, et du transfert des données de séquençage (Fastq) au centre de bioinformatique (MOABI).

• En parallèle de l’étude, ils réalisent également les tests prénataux invasifs classiques et renvoient le résultat au médecin clinicien du centre recruteur.

• Les biologistes analysent les données traitées et interprètent les résultats du SGD-NIPD spécifiquement dans le cadre de cette étude (pas de retour au médecin ou au patient).

Plate-forme d’investigation bioinformatique (MOABI) :

• Traitement des données à l’aide d’un logiciel d’analyse RHDO interne et transfert des données traitées de MOABI au laboratoire associé.

Nombre de patients

550 patientes attendues

Durée de l’étude

Les capacités de recrutement sont évaluées en tenant compte de la prévalence des maladies rares et de l’activité de chaque centre recruteur, telles que reportées annuellement dans le rapport de l’agence de la biomédecine

• Période d’inclusion: 24 mois

• Période d’observation des patients: 1 mois maximum

• Durée totale de l’étude: 25 mois

Analyse statistique

L’objectif principal de notre étude est d’évaluer la performance diagnostique de notre méthode SGD-NIPD par rapport au diagnostic prénatal classique après prélèvement invasif ou au génotype du nouveau-né à la naissance. Nous supposons que les valeurs prédictives positives et négatives de notre test diagnostic seront d’environ 100%. Nous supposons également que notre nouvelle technique permettra d’obtenir un taux de diagnostic non concluant d’environ 10%. Si nous considérons un échantillon de 550 patients, nous serons en mesure de détecter un taux de diagnostic non concluant avec un intervalle de confiance de ±2,5% (IC95% [7,5% – 12,5%]).

Avancement

Au 3 décembre 2024, il y a 23 centres ouverts/ 59 centres et 2 patientes incluses.